简历
卢本卓
"百人计划"研究员,计算数学与科学工程计算研究所,中国科学院,从2008。
副研究员,计算数学与科学工程计算研究所,中国科学院,2008 – 现在。
办公室地址
计算数学与科学工程计算研究所
中国科学院
北京, 中国
电话:0086-10-62626492
传真: 0086-10-62542285
电子邮箱:
网页:http://lsec.cc.ac.cn/~lubz
工作经历:
副研究员,计算数学与科学工程计算研究所,中国科学院,2008 – 现在。
研究人员(Research associate),霍华德休斯医学研究所,2006 - 2008.
博士后, 加州大学圣地亚哥分校化学与生物化学系, 2003 - 2006.
访问学生, 意大利,底里亚斯特国际理论物理中心(ICTP), 1999.6-1999.9
助教,云南农业大学,昆明,中国, 1993-1997.
教育经历
1997 - 2002, 博士,生物化学与分子生物学,中国科技大学,合肥,中国
1989 - 1993, 学士,物理学,华东师范大学,上海,中国
研究
计算生物物理/化学。现在主要集中于生物分子体系及其溶剂化效应的连续模拟,数值方法与软件的发展,以及蛋白质的分子动力学模拟的研究上。
专业活动
学士刊物评审:
Journal of Computational Physics, Biophysical Journal, Physical Chemistry Chemical Physics, Journal of Chem. Phys., Communications in Computational Physics, Journal of Phys. Chem. A, B.等的审稿人。
学术组织成员:
美国生物物理学会,化学学会,蛋白质学会。
会议组织:
组委会主席(Co-Chair),会议主席(Co-Chair):国际生物分子连续模拟方法会议(WCMB), 九月14日-16日, 2009, 北京,中国。
教学经验
教授课程:
普通物理,高等数学(本科生课程)
生物分子的模拟与计算(博士生课程)
部分报告
国际生物分子连续模拟方法会议(WCMB),中国科学院数学与系统科学研究院,2009年9月14-17日,北京
计算与应用数学前沿研讨会,2009年8月9-10日, 清华大学,北京,2009.
Continuum modeling of electrodiffusion around single molecule, KITPC Workshop on "Dynamics and Biomolecular Machinery", Jul 29-Aug 10, 2009, 中国科学院-卡弗里理论物理研究所(Kavli Institute for Theoretical Physics),2009-7-29.
2009 SIAM Annual Meeting, July 6-10, Denver, Colorado, July 10, 2009.
分子模拟中的自由能计算方法,北京基因研究所, 中国科学院, 北京,2009-5-8
生物分子的连续模型模拟方法,北京大学数学学院,2009-3-17.
生物分子体系的电扩散模型, 清华大学周培源应用数学中心,2008.-12-15.
序列报告(I, II, III), 计算数学与科学工程计算研究所,中国科学院,北京,2008十二月8, 11, 17日。
Modelling of Electrostatics and Diffusion Processes in Biological Systems, Frontiers in Science (FIS) program -- Integrated Physics, Biology, Chemistry, Mathematics and Computer Science, a CTBP-CSUSM Seminar Series, California State University San Marcos, Sept. 25, 2008.
Fully-continuum diffusion -- the Poisson-Nernst-Planck model and some extensions, the 2008 CTBP Summer School, Coarse-Grained Physical Modeling of Biological Systems: Advanced Theory and Methods, San Diego, CA, August 11-15, 2008.
Continuum modeling of electrodiffusion: from equlibrium to nonequilibrium states,Dept. of Molecular Biology & Biochemistry, University of California at Irvine, 4/25/08.
Informal Seminars on Mathematics and Biochemistry-Biophysics, "Boundary integral methods for electrostatics in biomolecules: An overview", 4/8/08, 2008; And "Electrodiffusion", 10/2/07, 2007. Department of Mathematics, UCSD.
生物分子模拟技术中一些发展、改进和应用,计算数学与科学工程计算研究所,中国科学院,北京,2008十二月11日
离散与连续的分子动力学模拟,2007-12-17,武汉物理数学研究所
"Toward more efficient and accurate continuum modeling",2007-12-22, 北京工业大学。
Cyberinfrastructure and multiscale modeling approaches,NBCR (National Biomedical Computation Resource) Summer Institute 2006, La Jolla, California, August 7-11 August, 2006, weblink: http://nbcr.net/si/2006/contact.php (Instructor).
"Electrostatics, density distribution, and diffusion - A continuum modeling frame with realistic spatiotemporal resolution" on March 7, 2007 at the Biophysical Society 51st Annual Meeting . Baltimore, Maryland, MD, March 3-7, 2007.
"Accelerating computations to order N for electrostatic interactions of biomolecular systems" on Sep. 11, 2006 at the 232nd ACS National Meeting, San Francisco, CA, September 10-14, 2006.
"Molecular Simulations of Protein Kinase A: Release of ADP from the catalytic subunit of PKA: A MD simulation study" on July 12, 2005 at ICAM Frontiers of Science Symposium: Signal Transduction and Protein Phosphorylation, UC San Diego, CA.
真实蛋白质折叠的一个优化方法,2002-3-30,第七届海内外生命科学研讨会,军事医学科学院,北京,中国。