简历

卢本卓

研究员,科学院数学与系统科学研究院,计算数学与科学工程计算研究所

其它所属单位:
科学与工程计算国家重点实验室
国家数学与交叉科学中心(数学与生物医学交叉部)

 

办公室地址

中国科学院数学与系统科学研究院计算数学研究所,南楼703
北京海淀区中关村东路55号
北京 100190

网页:http://lsec.cc.ac.cn/~lubz 及 学术网站 www.continuummodel.org


电话:0086-10-82541904
传真: 0086-10-62542285
电子邮箱:

 

工作经历

研究员,计算数学与科学工程计算研究所,中国科学院,2012.2 – 现在。
副研究员,"百人计划"研究员,计算数学与科学工程计算研究所,中国科学院,2008.10 – 2012。
研究人员(Research associate,霍华德休斯医学研究所,2006 - 2008.
博士后, 加州大学圣地亚哥分校化学与生物化学系, 2003 - 2006.
访问学生, 意大利,底里亚斯特国际理论物理中心(ICTP), 1999.6-1999.9
助教,云南农业大学,昆明,中国, 1993-1997.

教育经历
1997 - 2002, 博士,生物化学与分子生物学,中国科技大学,合肥,中国
1989 - 1993, 学士,物理学,华东师范大学,上海,中国

研究
计算生物物理/化学。现在主要集中于生物分子体系及其溶剂化效应的连续模拟,数值方法与软件的发展,以及蛋白质的分子动力学模拟的研究上。

 

专业活动

杂志编委/编委顾问:

Commun. in Comput. Phys.


Computational Science & Discovery

Molecular Based Mathematical Biology

Journal of Applied Mathematics

数值计算与计算机应用


评审:

刊物评审:
Plos Comput Biology, Journal of Computational Physics, Biophysical Journal, Communications in Mathematical Sciences, Soft Matter, FEBS, Nonlinear Analysis Series B: Real World Applications, International J. Numerical Methods in Biomedical Engineering, Computational Science & Discovery, Physical Chemistry Chemical Physics, Journal of Chem. Phys., Communications in Computational Physics, Journal of Phys. Chem. A, B., J Chem Theory and Computation, J. Comput. Chem., Comput Phys. Commun, J. Neurophysiology, Molecular Based Mathematical Biology, Interdisciplinary Sciences- Computational Life Sciences,Chinese Science Bulletin, Current Medicinal Chemistry 等的审稿人。

基金评审:法国国家研究署基金,NSFC等。


学术组织成员:
美国生物物理学会,化学学会,蛋白质学会,北京计算数学学会,中国计算机学会等。
会议组织:
组委会主席(Co-Chair),会议主席(Co-Chair):国际生物分子连续模拟方法会议(WCMB), 九月14日-16日, 2009, 北京,中国。

顾问委员会,第二届国际生物软件会议 The 2nd Annual World Bio-Soft Forum (Bio-Soft 2010),June 23-25,2010, 大连,中国

会议组委会, Workshop and Summer School on Coulomb Many-body Systems, Summer School: June 6-10, 2012, Workshop:June 12-14, 2012, 上海,中国

会议组委会, 面向大规模科学计算的网格生成和可视化技术研讨会,2012年10月27-28日,北京,中国

会议组委会, Workshop on Mathematical Modeling of Molecular Biology, May 28, 2013, Soochow University, 苏州

分会主席(co-chair), The 3rd Annual World Congress of Nano-S&T 2013, Sept. 26-28, 2013, Xi'an, China

 

教学经验
教授课程:
普通物理,高等数学(本科生课程)
生物分子的模拟与计算(博士生课程)

 

部分报告

August 2014, 248th ACS National Meeting, San Francisco, Symposium "Modeling the effects of water and solvation in biological systems: Developments, August 10-14, 2014, US

July 2014, Transport of Ionic Particles in Biological Environments, Workshop 4, University of Toronto campus in Toronto, Ontario, July 28-August 1, 2014, Canada

August 2014, minisyposium of the SIAM Conference on the Life Sciences, August 4 - 7, 2014, Charlotte, NC, US

July 2014, Protein Electrostatics – satellite meeting of EBEC 2014, 8-11 July, Lisbon, Portugal.

March 2014, The 247th ACS National Meeting & Exposition, Dallas, ENFL: Division of Energy and Fuels, SESSION: Electrolyte Systems and Interfacial Processes in Energy Storage and Conversion, March 16-20, 2014, US

2013 复杂体系计算统计力学研讨会, 2013 年10月25-27日,复旦大学,China

Oct. 24, 科学院上海药物研究所,2013年10月24日,上海

Oct. 22, 第十二届全国计算(机)化学学术会议,2013年10月21-24日,苏州大学,中国

Oct. 19, 2013, 2013第十二届全国高校计算数学年会,2013年10月19-23日,湖南长沙

Oct. 14, 2013,北京国际数学研究中心,北京大学

Sept. 28, The 3rd Annual World Congress of Nano-S&T 2013, September 26-28, 2013, Xi'an, China

Sept. 24,2013 Northeast Asian Symposium on High Performance Computing Methods Modeling (2013年东北亚高性能计算的方法和建模学术研讨会),Sept 22-25,2013,Chengdu,China

July 17, 2013, 科学院高能物理研究所,北京

June 7, 2013, Univ of Wisconsin, Milwaukee, Math Dept,Milwaukee,US

“Simulation of ion channel: PDE model, numerical calculation, and software development”,colloquium, Feb. 25, 2013,Alabama Univ., Math Dept,Alabama,US

Advanced Molecular Simulation Methods in the Physical Sciences , Jun 10 – Jul 5, 2013, Kavli Institute for Theoretical Physics China (KITPC), Beijing, China

纳米技术与生物信息学前沿技术学术研讨会,May 10-11,2013, 北京工业大学,中国

Workshop on Mathematical Modeling of Molecular Biology, May 28, 2013, Soochow University, Suzhou, China

“Biomolecular surface/volume meshing and visualization for mathematical modeling”,CTW: Mathematical Challenges in Biomolecular/Biomedical Imaging and Visualization, February 18-22, 2013, Mathematical Biosciences Institute, The Ohio State University, Columbus, OH, US

面向大规模科学计算的网格生成和可视化技术研讨会,国家数学与交叉科学中心,中国科学院计算数学所,2012年10月27-28日,北京

2012 年12月24日,湖南师范大学,物理学,湖南

2012 年12月6日,“离子通道模拟:PDE模型、数值计算及软件”,北京工业大学,生命科学院,北京

2012 年11月15日,云南师范大学,数学系,昆明

2012 年11月13日,重庆大学,数学系,重庆

2012 年11月9日,清华大学,数学系,北京

Workshop on Computational Statistical Mechanics of Complex Systems(复杂体系计算统计力学研讨会),2012 年10月26-31日,中国科大,合肥

华北-西南地区计算与应用数学交流会,北京大学,北京,2012年9月28-29

分子连续模型中的一些问题”,优化与应用研究中心数学与生物交叉研讨会, 科学院数学与系统科学研究院,北京,2012年5月7-8日

244th ACS National Meeting, Philadelphia, PA-COMP-Sessions, Program: Continuum Solvation Modeling in Biological Systems: Developments and Applications, August 19-23, 2012, Philadelphia, Pennsylvania, US

Workshop and Summer School on Coulomb Many-body Systems, Summer School: June 6-10, 2012, Workshop:June 12-14, 2012, Shanghai, China?

北航—中科院数学院学科交叉研讨会, 3月31日—4月1日, 2012, 怀柔,北京

“求解生物分子静电PB方程的边界元方法及其加速”,稠密矩阵方程的快速计算方法研讨会,河海大学工程与科学数值模拟软件中心, Nanjing, China,2011,10月8日

Modeling non-uniform particle size effects in electro-diffusion framework”,Minisymposium on Mathematics in Materials Science, National Center for Mathematics and Interdisciplinary Sciences, Beijing, China,9.19, 2011

2011, May 29, 武汉大学物理科学与技术学院,武汉,中国

2011, May 2, ?Department of Mathematical Sciences, Delaware State Univesity, Dover, USA

CTW: Modeling and computation of biomolecular structure and dynamics, April 25-29, 2011, Mathematical Biosciences Institute, The Ohio State University, USA

国家数学与生物医学交叉中心与科学院-马普计算生物所联合研讨会,2010年12月28-30,上海

分子模拟中的连续模型方法,上海交通大学致远学院,2010年12月17日,上海

生物分子溶液中离子尺寸效应模型和计算,统计物理与复杂系统研讨会(理论物理研究所主办),2010年12月5-8日,北京

分子尺度上的电扩散过程模拟, 苏州大学系统生物学研究中心,2010年11月18日,苏州

The 2nd Annual International Conference on Computational and Systems Biology (ICCSB2010), Oct. 22-24, 2010, 杭州,中国

第二届国际生物软件会议 The 2nd Annual World Bio-Soft Forum (Bio-Soft 2010),June 23-25,2010, 大连,中国

实践引导的数学---分子模拟中的几个例子,青年科研人员联合会 报告,中国科学院数学与系统科学研究院,2010年5月28日,北京

Poisson-Boltzmann静电作用的计算, 苏州大学数学院,2010年4月7日,苏州


国际生物分子连续模拟方法会议(WCMB),中国科学院数学与系统科学研究院,2009年9月14-17日,北京

计算与应用数学前沿研讨会,2009年8月9-10日, 清华大学,北京,2009.

Continuum modeling of electrodiffusion around single molecule, KITPC Workshop on "Dynamics and Biomolecular Machinery", Jul 29-Aug 10, 2009, 中国科学院-卡弗里理论物理研究所(Kavli Institute for Theoretical Physics),2009-7-29.

2009 SIAM Annual Meeting, July 6-10, Denver, Colorado, July 10, 2009.

分子模拟中的自由能计算方法,北京基因研究所, 中国科学院, 北京,2009-5-8
生物分子的连续模型模拟方法,北京大学数学学院,2009-3-17.
生物分子体系的电扩散模型, 清华大学周培源应用数学中心,2008.-12-15.

序列报告(I, II, III), 计算数学与科学工程计算研究所,中国科学院,北京,2008十二月8, 11, 17日。

Modelling of Electrostatics and Diffusion Processes in Biological Systems, Frontiers in Science (FIS) program -- Integrated Physics, Biology, Chemistry, Mathematics and Computer Science, a CTBP-CSUSM Seminar Series, California State University San Marcos, Sept. 25, 2008.

Fully-continuum diffusion -- the Poisson-Nernst-Planck model and some extensions, the 2008 CTBP Summer School, Coarse-Grained Physical Modeling of Biological Systems: Advanced Theory and Methods, San Diego, CA, August 11-15, 2008.

Continuum modeling of electrodiffusion: from equlibrium to nonequilibrium states,Dept. of Molecular Biology & Biochemistry, University of California at Irvine, 4/25/08.

Informal Seminars on Mathematics and Biochemistry-Biophysics, "Boundary integral methods for electrostatics in biomolecules: An overview", 4/8/08, 2008; And "Electrodiffusion", 10/2/07, 2007. Department of Mathematics, UCSD.

生物分子模拟技术中一些发展、改进和应用,计算数学与科学工程计算研究所,中国科学院,北京,2008十二月11日

离散与连续的分子动力学模拟,2007-12-17,武汉物理数学研究所


"Toward more efficient and accurate continuum modeling",2007-12-22, 北京工业大学。


Cyberinfrastructure and multiscale modeling approaches,NBCR (National Biomedical Computation Resource) Summer Institute 2006, La Jolla, California, August 7-11 August, 2006, weblink: http://nbcr.net/si/2006/contact.php (Instructor).


"Electrostatics, density distribution, and diffusion - A continuum modeling frame with realistic spatiotemporal resolution" on March 7, 2007 at the Biophysical Society 51st Annual Meeting . Baltimore, Maryland, MD, March 3-7, 2007.


"Accelerating computations to order N for electrostatic interactions of biomolecular systems" on Sep. 11, 2006 at the 232nd ACS National Meeting, San Francisco, CA, September 10-14, 2006.


"Molecular Simulations of Protein Kinase A: Release of ADP from the catalytic subunit of PKA: A MD simulation study" on July 12, 2005 at ICAM Frontiers of Science Symposium: Signal Transduction and Protein Phosphorylation, UC San Diego, CA.


真实蛋白质折叠的一个优化方法,2002-3-30,第七届海内外生命科学研讨会,军事医学科学院,北京,中国。